Разница в 1 мм. между толщиной шипа и шириной гнезда это много, речь может идти о долях миллиметра. Когда делаешь такие операции, то кроме линейки под рукой должен быть и колумбик, то бишь штангенциркуль.
А на практике я сначала задалбливаю гнезда, а потом делаю шипы, неважно плоские вставные или коренные. Когда настраиваешь инструмент, фрезер или рейсмус, то первый шип подгоняешь по гнезду, а потом прогоняешь всю партию деталей.
Склеивание на вставных плоских шипах лучше делать в два этапа: Сначала шип вклеивается в торцы поперечных брусков, выравнивается по угольнику, подгоняется по длине. Затем уже идет окончательная сборка изделия.